전립선염은 크게 세균성과 비세균성으로 원인을 구분할 수 있습니다. 세균성 전립선염은 요도염의 원인균인 임질균(N gonorrhea), 클라미디아(Chlamydia trachomatis), 유리아플라스마(Ureaplasma urealyticum), 마이코플라스마 제니탈리움(Mycoplasma genitalium), 마이코플라스마 호미니스(Mycoplasma hominis), 트리코모나스(Trichomonas vaginalis) 등이 전립선에 남아서 전립선염을 일으킬 수 있으며, 이와는 다른 대장균(E coli), 클렙시엘라(Klebsiella), Proteus, Enterobacter spp, enterococci, Pseudomons, Staphylococcus spp. anaerobic bacteria, corynebacteria. 등도 원인균이 될 수 있습니다. 이와 같은 균에 의한 원인이 밝혀지면 비교적 치료에 좋은 반응을 보입니다. 비세균성 전립선염은 원인균을 찾을 수 없는 경우로 소변은 비록 균을 갖고 있지 않다고 하더라도 전립선내로 역류가 된 경우는 정상 전립선조직에 화학적인 염증을 일으킬 수 있습니다. 그 외에도 배뇨기능장애 (Dysfunctional voiding), 면역학적 반응, 비정상적인 골반 근육, 신경계 민감화, 심리적 문제 등에 의해서도 영향을 받을 수 있습니다.